2007 m. pabaigoje tuo metu treneris Ivanas Švabovičius, treneriai Dmitrijus Kartašovas ir legendinis Lietuvos rinktinės puolėjas Igoris Morinas įkūrė Baltijos futbolo akademiją, kuri tuo metu buvo pirmoji privati futbolo akademija šalyje.
Įdomus faktas: BFA spalva tapo mėlyna, nes I. Švabovičius nuo vaikystės palaiko Italijos futbolo rinktinę.
2007 m. gruodžio mėn. pradėtos pirmosios treniruotės. Akademijoje tuo metu buvo 80 vaikų, o darbus pradėjo šie pirmieji treneriai: Ivanas Švabovičius, Dmitrijus Kartašovas, Domas Paulauskas, Artūras Švaikevičius ir Eduardas Skuratovičius. Petras Jakubėnas ėmėsi vadybininko rolės.
BFA įkūrėjai D. Kartašiovas ir I. Švabovičius dar prieš akademijos įkūrimą išugdė ne vieną talentingą kartą: Danielis Romanovskis, Justas Lasickas, Arvydas Novikokas, Vytautas Matulevičius, Marius Papšys, Vytautas Likša. Buvę auklėtiniai Haroldas Šidlauskas ir Artūras Švaikevičius tapo treneriais.
Per penkerius metus BFA išsiplėtė ir sugebėjo narių skaičių išauginti iki 300 vaikų kurie treniravosi Sportimos manieže.
Siekiant jauniesiems futbolo talentams užtikrinti maksimaliai palankias sąlygas derinti sportą ir mokslus, BFA nuo 2014 m. bendradarbiauja su “Fabijoniškių” gimnazija organizuojant sportines klases, kuriose mokosi ir kartu futbolo paslapčių mokomi gabiausi šalies futbolo talentai.
2019 m. BFA kartu su investuotojais ėmėsi pirmojo Lietuvoje projekto - pripučiamo futbolo kupolo įrengimo. 2019 m. buvo pastatyta ši unikalus statinys, gavęs metų sporto statinio titulą.
2020 m. iš akademijos perspektyviausių talentų suburta komanda pradėjo žygį antrame pagal pajėgumą šalies vyrų čempionate. Pirmajame sezone komanda liko 13-oje vietoje ir iškovojo teisę žaisti kitame sezone.
- Antrajame sezone (2021 m.) komanda užėmė 12 vietą ir surinko 23 taškus.
- Trečiajame sezone (2022 m.) ekipa užėmė aukščiausią kol kas – septintąją vietą iš 16-os – ir surinko 37 taškus.
- Ketvirtajame sezone (2023 m.) komanda liko 10-oje vietoje.
- Penktajame sezone (2024) ekipa liko 9-oje vietoje.
Po pandemijos ir kartu su BFA arenos atsiradimu prasidėjo spartus akademijos augimas: narių skaičius perkopė 1000-į.
2021 m. BFA garbės lentyna šį sezoną pasipildė ne viena taure. Be A. Švaikevičiaus Elitinės jaunių lygos (EJL) U-15 čempionų titulo, BFA trenerio G. Sidorovo BFA U-14 A ir B ekipos tapo Jaunučių U-14 čempionato ir Pirmos lygos U-14 diviziono čempionais.
Jungtinė Vilniaus BFA ir Alytaus futbolo akademijos „Dainava“ 2006 m. komanda privertė Europos, Amerikos, Kanados futbolo klubus įsiminti Lietuvos vardą. Italijoje vykusiame tarptautiniame „Internazionale turneo della pace“ futbolo turnyre mūsų šalies atstovai pusfinalyje ir finale nušlavė italų komandas ir visų nuostabai iškėlė turnyro čempionų taurę. Po šio turnyro mūsų žaidėjai atkreipė užsienio klubų dėmesį.
BFA auklėtinis Adrianas Lickūnas pradėjo naują istorijos etapą. Talentingas ir perspektyvus vos 16-os metų krašto saugas pasirašė sutartį su Italijos „Serie B“ futbolo pirmenybėse rungtyniaujančiu AC „Perugia“ klubu ir tapo pirmuoju akademijos jaunuoju futbolininku, išvykusiu karjerą tęsti Italijoje.
Prieš mėnesį vos 16-ąjį gimtadienį atšventęs talentingas gynėjas L. Klišys buvo stebimas ne vieno Italijos klubo, tačiau rankomis sukirto ir ilgalaikį kontraktą pasirašė su Serie B viena lyderių Genoa CFC.
Debiutiniame Baltijos jaunimo futbolo lygos turnyre triumfavo A. ir T. Švaikevičių vedama Vilniaus BFA 2007 m. komanda. Rygoje vykusiame turnyro finale pergalę 2:1 iškovojo Lietuvos atstovai – Baltijos futbolo akademijos žaidėjai. Sausio mėnesį pirmąkart startavusios Baltijos valstybių futbolo federacijų organizuojamos varžybos skirtos 2007 metų gimimo komandoms, siekiant joms suteikti tarptautinių rungtynių patirties ir skatinti jaunimo komandų profesionalumą. Šiemet turnyre žaidė po keturias komandas iš Estijos, Latvijos ir Lietuvos
Baltijos jaunimo futbolo lygos (BYFL) finale visus laurus nuskynė ir čempionais tapo R. Vilėniškio Vilniaus BFA 2008 m. komanda, finale 3:0 (2:0) įveikusi „Žalgirio“ bendraamžius.
2023-2024 m. BFA komandos pademonstravo tikrą medalių proveržį. Samsung Galaxy Watch Elitinės Jaunių lygos (EJL) čempionais paskutiniame ture tapo trenerių G. Paberžio, A. Ruškio vedama BFA U-15 ekipa, čempionų taurę Lietuvos jaunučių lygoje iškėlė ir A. bei T. Švaikevičių BFA U-13. Tuo metu A. Chatkevičiaus, A. Ramoškos BFA U-14 po atkaklios kovos tik per plauką netapo čempionais ir atsiėmė sidabro medalius, o R. Vilėniškio BFA U-16 taip pat dramatiškame sezono finiše iškovojo bronzą.
2024-2025 m. sezoną BFA pabaigė įtikinamai: A. Ruškio BFA U-15 ir A. ir T. Švaikevičių BFA U-14 tapo šalies čempionėmis, o R. Vilėniškio BFA U-18 pasipuošė bronza, o Vilniuje ir Visagine veikianti akademija per metus sugebėjo pasiekti rekordinį auklėtinių skaičių. BFA įkūrėjai džiaugiasi vis solidesniu BFA komandos pasirodymu TopSport I lygoje ir žaidėjų įsitvirtinimu vyrų futbole.